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胴体和分割肉初始微生物水平高，会影响鲜肉的货架期，产生不愉快的风味和肉色；高初始微生物水平的热鲜肉仅有1天货架期，而冷鲜肉仅3天货架期就会出现发臭的现象，造成经济损失。
报道称2015年中国食品中毒人数5926人，死亡121人，微生物性食物中毒事件起数和中毒人数很多；2015年全球食品中毒死亡人数42万人，早年报告称禽肉、红肉、肉制品是欧盟食品中毒较大的一类来源，美国约45％的食品中毒事件是由禽肉和红肉引起的。对比数据表明，中国畜禽产品屠宰加工分割肉微生物水平高于美国和欧盟约10～20倍，因此在牛羊屠宰设备使用过程中引入减菌技术和规范操作、消毒程序势在必行。
许多研究表明，屠宰健康动物时，其肌肉组织本质是无菌的，动物的皮、毛，以及皮毛上的粪便、泥土、灰尘是重要的污染源，同时，规模化屠宰加工厂和制备逐渐增多，肉从初始加工到消费烹饪的距离和时间增加，从而增加了致病菌生长的风险。
